合同会社の設立に伴って法務省の「申請用総合ソフト」を使うときにマイナンバーカードを使って署名を付けたりするんだけど、何度やっても正しいであろう手順を踏んでも

ICカードリーダの初期化に失敗しました。ICカードがICカードリーダに差し込まれているか確認してください。

というエラーで失敗してしまう。
めちゃくちゃ数十回と再試行しまくって、やっと下記手順でやれば再現性のある形で署名ができることを確認した。

1. 申請用総合ソフトを起動しておく
2. ICカードリーダを接続する
3. 「ツール」 ->「オプション」 を開く
4. ICカード切り替え タブに切り替える
5. 「使用するICカードライブラリを登録します。」の「登録」ボタンをクリックする
6. 「使用するICカードライブラリを切り替えます。」で「個人番号カード」を選ぶ
7. 「適用」をクリックする
8. 「設定」をクリックする（ダイアログを閉じる）
9. 目的の「署名付与」へ進む
10. 「ICカードで署名...」をクリックする
11. 「ICカード差し込み確認」というダイアログが出るので、このタイミングでマイナンバーカードを差し込み、次へ進める
12. パスワードを入力し、次へ進める
13. これで署名成功！

マイナンバーカードを挿入するタイミングやICカードリーダを接続しておくタイミングがけっこうシビアで、これをミスるとすぐエラーになる模様。